Vào ngày 9 tháng 8 năm 1973, Perkins kết hôn với nhiếp ảnh gia Berinthia "Berry" Berenson. Sau đó họ có hai con: diễn viên Oz Perkins (sinh ngày 2 tháng 2 năm 1974), và nhạc sĩ Elvis Perkins (sinh ngày 9 tháng 2 năm 1976).[1]

Perkins là một người rất nhút nhát, đặc biệt đối với phụ nữ.[3] Dựa vào tiểu sử trái phép của Charles Winecoff, ông đã hẹn hò với Christopher Makos, diễn viên Tab Hunter, vũ công Rudolf Nureyev, nhà soạn nhạc/người viết lời Stephen Sondheim, diễn viên Nick Adams, và biên đạo múa Grover Dale trước khi kết hôn với Berenson.[2] Ông đã có một trải nghiệm đầu tiên về tình dục dị tính ở tuổi 39 khi đang trong quá trình quay phim The Life and Times of Judge Roy Bean vào năm 1972 với một nữ diễn viên cũng diễn xuất trong đó. Ông từ chối tiết lộ danh tính của nữ diễn viên, nhưng "các nguồn thông tin khác" đã nhận diện là nữ diễn viên Victoria Principal. Principal sau này cũng thừa nhận trong một bài báo nói về Perkins trên tạp chí People [3]. Khi được chẩn đoán bị mắc bệnh HIV, ông đã không công khai với báo chí, chỉ sau khi ông mất, vợ ông mới tiết lộ rằng[4]

“ Anh ấy đơn giản không muốn mọi người biết về điều này, nếu mọi người biết được sự thật, anh ấy sẽ không bao giờ được làm việc nữa. ”